Magdalena Kozená er født i den tjekkiske by Brno. Uddannet ved konservatoriet i Brno og siden ved Eva Blahová på College of Performing Arts of Bratislava, hvor hun færdiggjorde sin uddannelse i 1995.

Magdalena Kozená har modtaget adskillige nationale og internationale priser. Blandt andet ved den 6. internationale Mozart-konkurrence i Salzburg i 1995. I 2003 fik hun titlen "Chevalier de L'Ordre des Arts et des Lettres" af den franske regering.

Hun sang ved Vienna Volksoper i 1996/1997, og i 1998 debuterede hun ved Drottningholm Festivalen som Paride i Glucks "Paride ed Elena".

Magdalena Kozenás store talent har bragt hende vidt omkring, og hun har blandt andet sunget i London, Bruxelles, Paris, Hamburg, Amsterdam, München, Prag, Tokyo, Yokohama og Sapporo. Hun har desuden en omfattende CD-karriere. I den kommende tid vil Magdalena Kozena blandt andet debutere ved San Francisco Opera som Dorabella i "Cosi Fan Tutte" og som Varvara i Janaceks opera "Katja Cabanova" ved The Metropolitan Opera. Hun vil desuden synge titelrollen i Cavallis "Calisto" ved The Bavarian State Opera.